El organismo cuenta con cinco mecanismos en acuerdo entre el presidente de México con los familiares de las víctimas y los sobrevivientes de la llamada Guerra Sucia, periodo histórico entre los años sesenta y ochenta en los que el Estado empleó un conjunto de medidas de represión militar y política encaminadas a disolver a los movimientos de oposición política.
La comisión tiene como objetivo realizar las acciones que sean necesarias para el esclarecimiento de la verdad, el impulso a la justicia, la reparación integral y el derecho a la memoria dentro de la competencia de la Administración Pública Federal, dijo el subsecretario de Gobernación, Alejandro Encinas.
En 2001, durante el sexenio de Vicente Fox se creó la Fiscalía Especial para Movimientos Sociales y Políticos del Pasado. Este organismo logró la resolución judicial 344/2006 en la que se ordenó enjuiciar a Luis Echeverría, quien fue secretario de gobernación durante el gobierno de Gustavo Díaz Ordaz, por la matanza de Tlatelolco.
En un segundo intento, la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) creó la Oficina Especial para Investigar Represión y Desapariciones Forzadas por Violencia Política del Estado durante el pasado reciente. Finalmente este agosto, el presidente Andrés Manuel López Obrador ordenó la creación de una nueva comisión.
De las víctimas, no hay una cifra certera, pero anteriormente CNDH reconoció 542 desapariciones forzadas cometidas.