La llegada de Alfonso Navarrete Prida a la titularidad de la Secretaría de Gobernación no fue el único cambio sufrido por la dependencia que vio el cambio de nombres en la estructura que había dejado Miguel Ángel Osorio Chong, aunque prometió continuidad. A unas horas de que se anunciara la salida del gabinete de Osorio Chong, Manuel Cadena Morales se hará cargo de la Subsecretaría de Gobierno, anteriormente fue Oficial Mayor de la Secretaría del Trabajo y exfuncionario del Estado de México. Mientras que la Subsecretaría de Derechos Humanos llega Rafael Adrián Avante Juárez, en sustitución de Roberto Campa. En la Subsecretaría de Población, Migración y Asuntos Religiosos, a cargo de Humberto Roque Villanueva, asume Patricia Martínez Kranz, quien se desempeñaba como Subsecretaria en la Secretaría de Comunicaciones y Transportes. En tanto, José Luis Stein Velasco llega a la Subsecretaría de Prevención y Participación Ciudadana. La Oficialía Mayor estará en manos de José Luis Morales Gutiérrez. En la Unidad de Gobierno va Germán Uribe, y en la Unidad de Desarrollo Jurídico y Fomento Cívico, Julio César Venegas Guzmán. Rosa María Nava Acuña llega a la Comisión para el Diálogo con los Pueblos Indígenas, y Alberto Bazbaz, al Centro de Investigación y Seguridad Nacional (CISEN). A la silla de la División de Inteligencia de la Policía Federal estará Víctor Manuel Torres Moreno. La titular de Comisión Nacional para Prevenir y Erradicar la Violencia es Ángela Quiroga Quiroga.El jefe de la Oficina del Secretario es Rafael García Garza, y el director de Comunicación Social, Luis Benito Olguín Arellano.
También, nombró al frente de los penales federales a Rogelio Miguel Figueroa Velázquez, quien fue director de Inspección General de Trabajo en la Secretaría del Trabajo. A Aurora Cervantes Martínez en la Unidad de Asuntos Jurídicos. El secretario particular será Ramón Díaz de León.
A la jefatura de la Unidad de Enlace Federal y Coordinación con Entidades Federativas, llega Carlos Torres Chico. En la subsecretaría de Prevención y Participación Ciudadana llega José Luis Velasco.
A pesar de los cambios otros funcionarios se mantuvieron como Felipe Solís Acero en la Subsecretaria de Enlace Legislativo y Acuerdos Políticos, y Andrés Chao, en la Subsecretaria de Normatividad de Medios. Al igual que Luis Felipe Puente en la Coordinación Nacional de Protección Civil, Renato Sales en la Comisión Nacional de Seguridad, Manelich Castillla en la Jefatura de la Policía Federal, y Ardelio Vargas en el Instituto Nacional de Migración.RB