Otra de las razones que han provocado el distanciamiento del presidente Andrés Manuel López Obrador hacia el fiscal Alejandro Gertz Manero es que desde las Fuerzas Armadas le ha llegado información de cómo hay enormes fracasos en la persecución de los grupos del crimen organizado.
Los oídos de don Andrés han escuchado múltiples ejemplos de cómo el fiscal no comparte información o la que tiene muchas veces es errónea; o que muchos de los funcionarios en delegaciones del país no tienen un buen desempeño; y las capturas que logran las fuerzas federales no siempre se trabajan en forma conjunta, por lo que no se consolida un buen caso.
Desde el Ejército y la Marina no le echan toda la culpa a Gertz Manero, pero sí han documentado su ineficacia en casos graves ante don Andrés.